エラー内容
[!] Multiple Xcode projects found, please specify one
原因
そのプロジェクトに、Xcodeの実行ファイルが複数あるので一つにしてくださいというエラーです。
外部ストレージフォルダのプロジェクトをls -aコマンドで確認すると、_から始まるXcodeの実行ファイルがありました。おそらくこのせいですね。
外部ストレージフォルダは、_から始まるプロジェクトファイルが生成されるようです。
解決方法
pod initというコマンドは、そのプロジェクト内の実行ファイルに対して、workspaceを複製するコマンドです。ただ、実行ファイルが複数ある場合は、どれを複製して良いかわからないので、エラーになってしまいます。
そのため、実行ファイルを指定してあげるとうまく行きます。
pod init SampleProject.xcodeproj
